Správa a sdílení dat#
Co je to?#
Časopisy i poskytovatelé vědeckých prostředků kladou v posledních letech větší důraz na to, že je nezbytné uchovávat jak surová data, která vznikají v průběhu vědeckého objevování, tak pracovní postupy používané ke zpracování těchto dat. Ačkoli v několika zemích nedávno vstoupily v platnost mandáty pro veřejné ukládání nezpracovaných obrazových dat, pro výzkumné pracovníky může být obtížné zjistit, kam ukládat obrázky, kód a metadata související s jejich experimenty s biologickým zobrazováním.
🤔 Jaké mám možnosti?
Existuje mnoho možností ukládání obrazových dat v online repozitářích. Tyto služby usnadňují sdílení a opakované použití dat. Nejlepší možnost závisí na velikosti datové sady, rozpočtu na její uložení, na tom, zda existují související neobrazová data a kolik metadat je k dispozici pro danou datovou sadu. Některé možnosti jsou shrnuty níže:
Obr. 8 Options for storing bioimaging data Figure by Beth Cimini (2023) Source#
⚠️ Kde se může něco pokazit?
Neukládání původních verzí obrázků. Je velmi důležité, aby byla uložena a uložena původní obrazová data. Je velmi důležité, aby tyto soubory nebyly v komprimovaných formátech (např. „.jpeg“) nebo upravené oproti původním souborům, na kterých byla provedena analýza. Pokud jsou soubory upraveny, měření se změní a analytická pipeline nebude reprodukovatelná pro nikoho dalšího.
Potřebná metadata o zobrazování nejsou k dispozici. Pro správnou kalibraci naměřených dat je velmi důležité, aby byly spolu s daty uvedeny informace jako velikost pixelu (např. v mikronech), výrobce a model mikroskopu a nastavení akvizice. Pokud tyto informace nebudou zahrnuty, bude velmi obtížné reprodukovat výsledky nebo použít kombinaci dat s jinými soubory dat.