Úvod

Mikroskopické snímky jsou ze své podstaty kvantitativní, což z nich činí velmi silný zdroj dat. Jako biologovi vám analýza obrazu umožňuje převést tato čísla na poznatky, které odpovídají na biologické otázky. Pro naše účely je analýza obrazu proces měření aspektů biologických jevů zachycených na mikroskopických snímcích. Mikroskopické snímky jsou již ze své podstaty kvantitativní, protože jsou maticemi (tj. mřížkami) čísel. Analýza obrazu je však proces, který tato surová čísla mění na biologicky interpretovatelná měření. Analýza obrazu obvykle zahrnuje řadu kroků, které lze shromáždit do pipeline nebo pracovního postupu analýzy. Jednoduchý příklad workflow je uveden níže:

flowchart LR A[Raw image] -->|Illumination correction| B[Corrected image] B -->|Segmentation| C((Identified objects \n e.g., cells, nuclei)) C -->|Measure size and shape| D(Size and shape measurements \n e.g., Average cell area) B & C-->|Measure intensity|G(Intensity measurements \n e.g., Average eGFP intensity) classDef empty width:0px,height:0px; style G fill:#DCC7FA, stroke:#8338EC style C fill:#FFF4d6,stroke:#FFBE0B style A fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style B fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style D fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF style G fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF

The specifics of your workflow depend on your biological question. Below we present a few common types of analysis for fluorescence microscopy experiments. For each, we’ll explain key ideas to understand before you begin, common pitfalls, and links to a few key resources to learn more. We encourage you to think about your analysis strategy even before beginning sample preparation. While not always possible, speaking with an image analysis expert¹⁹ in your local core facility or asking a question on the image.sc forum before you begin can save you a ton of time and headache when it comes to designing an image analysis strategy. Some general concepts are also covered in a recent short review²⁰.

Všimněte si, že „automatizovaný“ a „kvantifikovaný“ vůbec nejsou totéž co „přesný“ a „nezaujatý“ – další informace o těchto problémech naleznete v dokumentech ⁹ a ¹⁸.