Úvod

Mikroskopické snímky jsou ze své podstaty kvantitativní, což z nich činí velmi silný zdroj dat. Jako biologovi vám analýza obrazu umožňuje převést tato čísla na poznatky, které odpovídají na biologické otázky. Pro naše účely je analýza obrazu proces měření aspektů biologických jevů zachycených na mikroskopických snímcích. Mikroskopické snímky jsou již ze své podstaty kvantitativní, protože jsou maticemi (tj. mřížkami) čísel. Analýza obrazu je však proces, který tato surová čísla mění na biologicky interpretovatelná měření. Analýza obrazu obvykle zahrnuje řadu kroků, které lze shromáždit do pipeline nebo pracovního postupu analýzy. Jednoduchý příklad workflow je uveden níže:

flowchart LR A[Raw image] -->|Illumination correction| B[Corrected image] B -->|Segmentation| C((Identified objects \n e.g., cells, nuclei)) C -->|Measure size and shape| D(Size and shape measurements \n e.g., Average cell area) B & C-->|Measure intensity|G(Intensity measurements \n e.g., Average eGFP intensity) classDef empty width:0px,height:0px; style G fill:#DCC7FA, stroke:#8338EC style C fill:#FFF4d6,stroke:#FFBE0B style A fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style B fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style D fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF style G fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF

Specifika vašeho pracovního postupu závisí na vaší biologické otázce. Níže uvádíme několik běžných typů analýz pro experimenty s fluorescenční mikroskopií. U každého vysvětlíme klíčové myšlenky, kterým je třeba porozumět, než začnete, běžná úskalí a odkazy na několik klíčových zdrojů, kde se dozvíte více. Doporučujeme vám, abyste si promysleli strategii analýzy ještě před zahájením přípravy vzorku. I když to není vždy možné, mluvit s odborníkem na analýzu obrazu ve vašem místním základním zařízení nebo položit otázku na fóru image.sc než začnete vám může ušetřit spoustu času a bolesti hlavy, když jde o návrh strategie analýzy obrazu.