Kvantitativní BioImaging#
Co máme na mysli pod pojmem Kvantitativní BioImaging?#
Zatímco mikroskopie byla po většinu své historie kvalitativní vědou, nyní žijeme v době, kdy lze mikroskopické snímky použít k přesné kvantifikaci pozorovatelných fenotypů.
Schopnost vyvodit přesné kvantitativní odpovědi z těchto experimentů závisí na osvědčených postupech, které jsou by měli být dodrženy. Pokud dokážete s jistotou říci „Ano“ na každou z následujících 4 otázek, pravděpodobně budete schopni správně kvantifikovat vzorek.
Připravil jsem svůj vzorek způsobem, který minimalizuje technické artefakty a umožňuje mi přesně porozumět, kterou/které molekulu/y pozoruji?
Mikroskopoval jsem tak, abych minimalizoval technické artefakty a byl v kvantitativním rozsahu detektoru připojeného k mému mikroskopu?
Vybral jsem analytické metriky, které skutečně odpovídají na mou biologickou otázku, a změřil jsem je způsobem, který minimalizuje technické artefakty?
Zvolil jsem vhodná statistická srovnání a přístupy k prezentaci dat, aby bylo možné spravedlivě porovnat distribuci mé metriky mezi vzorky a odpovědět na mou biologickou otázku?
Odpověď na každou z těchto otázek vyžaduje přemýšlení, odbornost a často i pořádnou dávku pokusů a omylů; potýkat se se všemi technickými aspekty a výhradami přítomnými v experimentu s biozobrazováním může být ohromující. Tyto otázky však lze zodpovědět, i když často ne v jediném průchodu – [nepřetržitá optimalizace prostřednictvím několika kol zodpovídání těchto otázek] (qb-decision-cycle) je obvykle potřeba k dosažení nejlepších výsledků.
Zdroje uvedené v této knížce jsou navrženy tak, aby čtenářům pomohly rozvíjet dovednosti v každé z těchto oblastí nebo ve všech těchto oblastech a pomohly jim co nejlépe využít jejich mikroskopická data.
Obr. 2 The decision cycle of quantitative bioimaging 2Převzato z Senft a Diaz-Rohrer et al, [A biologist’s guide to planning and performing quantitative bioimaging experiments](https://doi.org /10.1371/journal.pbio.3002167).#