Prezentace mikroskopických snímků#
Co to je?#
Mikroskopické snímky jsou často ukazovány ve vědeckých pracích, aby ilustrovaly konkrétní závěr. Zatímco kvalitativní závěry nejsou náhradou za kvantitativní srovnání (viz další část), obrázky mohou jistě vést naše úvahy a naše závěry. Dodržování několika konzistentních osvědčených postupů zajišťuje, že tyto závěry jsou správné a spolehlivé.
Obr. 9 Stručné vizuální shrnutí tipů na prezentaci obrázků. Figura od Heleny Jamborové. Zdroj#
Upravte oříznutí, orientaci a velikost obrázku.
Při jakýchkoli úpravách pracujte s kopií obrázku a neměňte původní soubor. Zapamatujte si, nepoužívejte upravené obrázky pro kvantitativní analýzy obrazových dat. Úpravy pro efektivní komunikaci obsahu obrázku mohou zahrnovat odstranění neinformativních oblastí obrázku (oříznutí), změnu orientace obrázku a úpravu velikosti. Zapamatujte si, že rotace a změna velikosti může díky matematickým operacím a interpolaci změnit obrazová data.
🤔 Jak to udělám?
Další informace naleznete na cheat-sheetu níže.
⚠️ Kde se může něco pokazit?
Jakékoli úpravy, které mění závěry, nejsou povoleny.
📚🤷♀️ Kde se mohu dozvědět více?
Zvyšte viditelnost obsahu obrázku
Obrázky často nemají pravidelné hodnoty intenzity. Chcete-li stále zobrazovat data viditelná na obrazovce/obrázku, je obvykle nutné upravit jas a kontrast.
🤔 Jak to udělám?
Další informace naleznete na cheat-sheetu níže.
⚠️ Kde se může něco pokazit?
Jakékoli úpravy, které vedou ke zmizení detailů obrázku, jsou považovány za zavádějící 43. Všimněte si, že v softwaru pro zpracování obrazu je k dispozici mnoho nelineárních transformací jasu a kontrastu. Před použitím by se uživatel měl ujistit, že transformace vhodně reprezentují data, aby nedošlo zavádějící presentaci obrázku publiku.
📚🤷♀️ Kde se mohu dozvědět více?
Používejte vhodné kombinace barev
Snímky z fluorescenčních mikroskopů se často skládají z dat z více vlnových délek/barevných kanálů. Pro nejlepší vizualizaci molekulárních struktur lze jednotlivé kanály zobrazit v samostatných obrázcích ve stupních šedi. Když jsou barvy zvoleny tak, aby reprezentovaly vlnovou délku osvětlení (modrá, zelená, červená, NIR), například Green-Fluorescent Protein je zobrazen zelenou barvou, mějte na paměti, že hodnoty intenzity na černém pozadí snižují úroveň detailů.
Když jsou kanály překryty „složenými“ obrázky, měli by autoři zajistit, aby byly struktury viditelné, tj. aby překryv neblokoval prvky a aby byly použité barvy jasně rozlišitelné.
🤔 Jak to udělám?
Další informace naleznete na cheat-sheetu níže.
⚠️ Kde se může něco pokazit?
U složených obrázků zvažte, zda jsou barevné kombinace přístupné barvoslepému publiku (např. nekombinujte červenou se zelenou, ale spíše purpurovou a zelenou, příklady viz odkaz níže) a případně navíc zobrazte jednotlivé kanály ve stupních šedi pro maximalizaci dostupnosti a detailů. Nástroje pro simulaci barvosleposti obrázků existují v softwaru pro zpracování obrázků (ImageJ/Fiji) a viditelnost barev ve výsledných obrazcích obrázku lze testovat pomocí aplikací, jako je ColorOracle.
📚🤷♀️ Kde se mohu dozvědět více?
Popište klíčové vlastnosti obrázku
Každý obrázek potřebuje odkaz na jeho fyzické rozměry. Toho se obvykle dosáhne zahrnutím měřítka s rozměry anotovanými na obrázku nebo v legendě obrázku.
Kromě toho by si autoři měli pamatovat na poznámky k použitým barvám, všem symbolům a šipkám sloužícím čtenářů a, je-li použit, původ jakéhokoli přiblížení/vložení. Pokud jsou zobrazeny specializované snímky (časosběr, objemy, rekonstrukce), doporučuje se autorům, aby zvážili přidání důležitých informací do obrázků.
🤔 Jak to udělám?
Další informace naleznete na cheat-sheetu níže.
⚠️ Kde se může něco pokazit?
Nedostatek podrobností a chybějící klíčová vysvětlení znemožní čtenáři interpretovat obrazová data v obrázcích. Pro jednoznačné referenční sondy zvažte použití termínů ze slovníku ISAC Probe Tag Dictionary, což je standardizovaná nomenklatura pro sondy používané v cytometrii a mikroskopii.
📚🤷♀️ Kde se mohu dozvědět více?
Vysvětlete obrázek
Pro rychlou orientaci publika by měl být spolu s obrázky prezentován minimální vysvětlující text. Patří sem legenda figur a část metod ve vědeckých pracích nebo názvy figur na plakátech a slidech. Zvažte použití slovníku ke snížení nejednoznačnosti a zvýšení strojové čitelnosti popisů vzorků, tkání, buněčných linií a proteinů atd. Užitečným nástrojem je [RRID (Reseach Resource Identifying Data) index](https://scicrunch. org/resources), který poskytuje indexy pro běžně používaná biologická činidla a zdroje, např. plazmidy, buněčné linie a protilátky.
🤔 Jak to udělám?
Další informace naleznete na cheat-sheetu níže.
⚠️ Kde se může něco pokazit?
Chybějící vysvětlení detailů k obrázku může vést k nereprodukovatelným datům a omezovit jejich využití.
📚🤷♀️ Kde se mohu dozvědět více?
📄 Replication Study: Biomechanical remodeling of the microenvironment by stromal caveolin-1 favors tumor invasion and metastasis 46
📄 Imaging methods are vastly underreported in biomedical research 47
📄 Are figure legends sufficient? Evaluating the contribution of associated text to biomedical figure comprehension. 48
Kde se mohu dozvědět více?#
Podívejte se na Creating clear and informative image-based figures for scientific publications44 a Community-developed checklists for publishing images and image analysis49, kde najdete další tipy a doporučené postupy pro vytváření obrazových podkladů a figur.
Cheat sheet o tom, jak provést základní přípravu obrázku pomocí open source softwaru:
Obr. 10 How to correctly perform various image manipulations in Fiji. Obrázek od Christophera Schmieda a Heleny Jamborové. Zdroj#