Software pro obecné použití#
Nástroje na této stránce bývají relativně víceúčelové pro mnoho druhů analýz a/nebo obrázků. Nástroje, které se specializují na určité kroky analýzy, naleznete na stránce [Specific Use Software] (./SpecificUseSoftware.md).
ImageJ#
ImageJ 27,28,29 je program pro zpracování obrazu, který je schopen pracovat s řadou obrazů včetně vícekanálových, 3D a časových řad. Umožňuje řadu základních operací zpracování obrazu, ale může být rozšířen řadou plaginů umožňující složitější operace zpracování obrazu.
Jaké jsou jeho nevýhody?
Operace zpracování obrazu se provádějí po jedné, a přestože umožňuje dávkové zpracování a vytváření maker, vyžaduje určité znalosti kódování.
I když dokáže otevřít velké obrázky, je velikost, kterou zvládne, omezena dostupnou pamětí RAM. A i když dokáže otevřít velké obrázky, může to zpomalit výkon.
Jak ho stáhnout/instalovat a dozvědět se více?
Chcete-li si stáhnout ImageJ nebo jeho distribuci „včetně baterií“ FIJI, přejděte na adresu
Pro dokumentaci a návody, jak používat ImageJ, stejně jako seznam dostupných pluginů najdete zde
CellProfiler#
CellProfiler 30 je software navržený biology pro biology; vytváří most mezi analýzou obrazu a vědcem bez potřeby výpočetní expertizy. Byl navržen s myšlenkou potrubí analýzy obrazu: umožňuje vám využít řadu interoperabilních modulů a navrhnout vlastní kanál analýzy, který lze aplikovat na jeden nebo tisíce snímků, takže je vhodný pro vysoce výkonnou analýzu snímků. .
Jaké jsou jeho nevýhody?
CellProfiler nedokáže zpracovat velké obrázky, jako jsou celé tkáňové řezy z histologických experimentů. Velikost obrázku je aktuálně omezena dostupnou pamětí v počítači.
Zatímco CellProfiler může provádět analýzu na 3D obrazech, vizualizace je omezena na jednu rovinu Z najednou pomocí posuvníku v prohlížecím okně.
Několik funkcí v CellProfiler je dostupných pouze pro 2D obrázky.
Jak ho stáhnout/instalovat a dozvědět se více?
Stažení nástroje CellProfiler
Příklady dokumentace a tutoriály.
QuPath#
QuPath 31 nabízí širokou sadu nástrojů pro analýzu obrázků, které lze použít na celé snímky snímků. Z tohoto důvodu se hojně využívá u patologických snímků, ale lze ho použít i u obrazů jiného typu. QuPath obsahuje také nástroje pro klasifikaci pixelů a lze jej integrovat s nástrojem ImageJ (např. pro odesílání ROI mezi programy nebo pro přístup k pluginům ImageJ).
Jaké jsou jeho nevýhody?
Abyste z QuPath vytěžili maximum (zejména při analýze mnoha obrázků), je nutné určité skriptování a znalost kódování (nebo přizpůsobení cizího kódu).
Jak ho stáhnout/instalovat a dozvědět se více?
Stažení aplikace QuPath
Příklady dokumentace a tutoriály.
Icy#
Icy 32 je hotový nástroj pro analýzu obrazu, který využívá pluginy k vytváření protokolů pro vizuální analýzu obrazu, které lze sdílet s ostatními uživateli.
Jaké jsou jeho nevýhody?
Interoperabilita Icy s jiným softwarem je omezena na ImageJ
Jak ho stáhnout/instalovat a dozvědět se více?
Stažení aplikace Icy
Příklady dokumentace a tutoriály.
MIB (Microscopy Image Browser)#
MIB 33 je uživatelsky přívětivý software pro obrazovou analýzu vícerozměrných datových sad pro světelnou i elektronovou mikroskopii. Umožňuje využít celá získaná data pro jejich analýzu a extrakci morfologických znaků.
Jaké jsou jeho nevýhody?
Byl vytvořen pomocí MATLABu, existuje samostatná verze, ale nepoužívá nejaktuálnější verzi MATLABu
Jak ho stáhnout/instalovat a dozvědět se více?
Stažení MIB
Příklady dokumentace a tutoriály.
napari#
napari 34 je vyvíjen jako multidimenzionální prohlížeč obrázků, který lze rozšířit pomocí různých zásuvných modulů a provádět základní a komplexní úlohy analýzy obrazu.
Jaké jsou jeho nevýhody?
napari je stále ve fázi vývoje, ale jedná se o velmi populární platformu, pro kterou je již k dispozici řada pluginů a případů použití s tutoriály.
Jak ho stáhnout/instalovat a dozvědět se více?
Stažení napari
Příklady dokumentace a tutoriály.