Open source software

Obsah

Open source software#

Úvod#

Když přijde čas na výběr softwaru pro analýzu obrazu, existuje mnoho možností, některé obecnější a jiné vysoce specializované na konkrétní modality obrazu nebo typy experimentů. Obecně platí, že dobré místo, kde začít hledat, je prozkoumat články ve vašem oboru a zjistit, co ostatní použili k analýze podobných experimentů, jako jste vy. Je důležité si uvědomit, že neexistuje jedna správná odpověď na otázku „Který program bych měl použít?“ V závislosti na vaší biologické otázce, vašich obrázcích a vašem vlastním pohodlí s kódováním je k dispozici mnoho možností.

Níže shrnujeme případy použití a omezení některých nejběžnějších, bezplatných a open-source softwaru pro analýzu obrazu, toto je malý seznam a existují i rozsáhlejší, jako je A Hitchhiker’s guide through the bio-image analysis software universe ³ a Index informatiky BioImage b0d60d427Paaz0d4 -Gilloteaux2021-vw.

Ať už si vyberete jakýkoli software, nezapomeňte do metod zahrnout podrobný popis své analýzy, pokud je to možné, se soubory potrubí nebo pracovních postupů, aby ostatní mohli vaši práci reprodukovat. Nezapomeňte také citovat analytický software, který používáte! To pomáhá vývojářům softwaru získat grantové financování a pomáhá ostatním najít užitečné nástroje.